Problemas no GROMACS

Tentar ler um trr gerado por um gromacs double num gromacs simples é problema. Problemas com free() e afins, não fui mais fundo.

GROMACS no Ubuntu 8.10

Faça o bootstrap.

./bootstrap

Configure com a precisão desejada (double irá gerar binários com sufixo _d) e habilite a "bendita" geração de bibliotecas dinâmicas.

./configure --enable-double --enable-shared

Caso esqueça de compilar com --enable-shared, limpe o build. Do contrário a compilação falha com algum erro que esqueci de olhar.

Lendo um arquivo trr do GROMACS

O código abaixo lê um arquivo trr do GROMACS e imprime uma linha com o passo e o tempo correntes e n linhas com velocidades (onde n é o número de átomos).

#include <stdio.h>
#include <trnio.h>

int
main(int argc, char *argv[])
{
        int f, ok, i;
        t_trnheader h;
        rvec *v;

        if(argc < 2){
                fprintf(stderr, "usage: rtrn trajfile\n");
                exit(1);
        }

        f = open_trn(argv[1], "r");
        if(f < 0){
                fprintf(stderr, "open_trn failed to open %s\n", argv[1]);
                exit(1);
        }

        for(;;){
                /* if we find an incomplete header, abort */
                fread_trnheader(f, &h, &ok);
                if(!ok){
                        fprintf(stderr, "incomplete header\n");
                        exit(1);
                }

                v = malloc(h.natoms*sizeof(rvec));
                if(!v){
                        fprintf(stderr, "out of memory\n");
                        exit(1);
                }

                /* if we cannot read the velocities, abort */
                if(!fread_htrn(f, &h, NULL, NULL, v, NULL)){
                        free(v);
                        break;
                }

                printf("step %d time %g\n", h.step, h.t);
                for(i=0; i < h.natoms; i++)
                        printf("%g %g %g\n", v[i][0], v[i][1], v[i][2]);
                free(v);
        }
        return 0;
}

Assumindo GROMACS instalado, compile com algo como:

cc -I/usr/local/gromacs/include/gromacs -Wall -lm -L/usr/lib64 -L/usr/local/gromacs/lib -o x x.c -lgmx -lm -lX11 -lXt -lpthread